اعتباره المسبب المؤكد لمرض التوحد، لكن يُعتقد أن هناك عوامل خطر تزيد من احتمال الإصابة بالتوحد وهي تشمل:
1. العامل الوراثي
العامل الوراثي يمكن أن يؤثر على خطر بعض أشكال مرض التوحد.
يكون الشخص أكثر عرضة للإصابة بالتوحد إذا كان له أخ أو أخت أو توأم أو كان أحد والديه مصابًا بالتوحد أيضًا.
فالعائلات التي لديها طفل مصاب بالتوحد، لديهم احتمال أكبر لولادة طفل آخر مصاب بالمرض.
My Player placeholder
ولأن مرض التوحد يسري في العائلات، يعتقد معظم الباحثين أنه يمكن لمجموعات معينة من الجينات أن تحفز إصابة الطفل بمرض التوحد.
إضافة إلى أن الوالدين أو الأقارب الذين لديهم طفل يعاني من التوحد، عادة ما يعانون من اضطرابات معينة في بعض المهارات النمائية أو التطورية أو حتى من سلوكيات ذاتية معينة.
2. اضطراب في الدماغ والجهاز العصبي
يعتقد بعض الباحثين بأن ضررًا في اللوزة (Amygdala) وهي جزء من الدماغ يعمل ككاشف عن حالات الخطر، قد يكون ضمن أحد العوامل التي تحفز ظهور مرض التوحد.
ويعتقد الباحثون أن هناك جينات بعضها تؤثر على نمو الدماغ وتطوره وعلى طريقة اتصال خلايا الدماغ فيما بينها.
3. الحمل والولادة
هناك اعتقاد بأن الفترة الحرجة لتطوير التوحد تحدث قبل وأثناء وبعد الولادة مباشرة، فعندما تتعرض المرأة الحامل لعقاقير أو مواد كيميائية معينة يكون طفلها أكثر عرضة للتوحد.
كما أن تناول الكحول، والمشاكل الصحية لدى الأمهات، مثل: السكري والسمنة، واستخدام الأدوية المضادة للتطهير أثناء الحمل قد تزيد من احتمال إصابة الطفل بالمرض.
وتم ربط بعض الأدوية التي تتناولها المرأة أثناء الحمل، مثل: الثاليدوميد (Thalidomide) وحمض الفالبرويك (Valproic acid) في زيادة خطر الإصابة بالحالة.
كما أن مضاعفات الحمل والولادة، مثل: الولادة المبكرة قبل 26 أسبوعًا، وانخفاض وزن الطفل عند الولادة ، وحالات الحمل بتوائم قد تزيد من فرص الإصابة أيضًا.
4. بعض الأمراض
في بعض الحالات، تم ربط مرض التوحد ببعض الأمرض، مثل:
    بيلة الفينيل كيتون (Phenylketonuria) وهو أحد الاختلالات الأيضية.
    الحصبة الألمانية.
    متلازمة الكروموسوم X الهش (Fragile x syndrome)، وهي متلازمة موروثة تؤدي إلى خلل ذهني يسبب تكوّن وتطور أورام في الدماغ.
    الاضطراب العصبي المعروف باسم متلازمة توريت (Tourette syndrome).
    النوبات.
    التصلب الحدبي (Tuberous sclerosis) والتصلب الدرني.
5. عوامل بيئية
يعتقد الباحثون أيضًا أن بعض التأثيرات البيئية قد تزيد أو تقلل من خطر التوحد لدى الأشخاص الذين لديهم استعداد وراثي للاضطراب.
فعلى سبيل المثال هناك احتمال أن تكون عدوى فيروسية أو ملوثات الهواء أو التعرض للمعادن الثقيلة والسموم البيئية إحدى العوامل المحفزة لنشوء وظهور مرض التوحد.
6. عمر الوالدين
العمر المتقدم للأم أو الأب يزيد من احتمال ولادة طفل مصاب بالتوحد، إذ يميل الباحثون إلى الاعتقاد بأن الأبوة في سن متأخرة قد تزيد من احتمال الإصابة بالتوحد.
كما قد تبين أن الأطفال المولودين لآباء فوق سن الأربعين عامًا هم أكثر عرضة للاصابة بالتوحد مقارنة مع الأطفال المولودين لآباء تحت سن الثلاثين عامًا.
7. بعض اللقاحات
بالرغم من الأصوات المتعالية حول الموضوع، إلا أنه لا يوجد دليل موثوق على أن اللقاحات تسبب مرض التوحد.
وقد تم التراجع منذ سنوات عن دراسة أثارت الجدل حول وجود علاقة بين التوحد وبعض اللقاحات التي تعطى للأطفال، مثل: اللقاح الثلاثي (MMR Triple vaccine) بسبب عدم مصداقية أساليب البحث المتبعة فيها.