الطبيبُ بتفحص جلد الوليد والرأس والعنق والقلب والرئتين والبطن والأعضاء التناسلية، ويُقيِّم الجهاز العصبي والمنعكسات لديه،كما يقوم الأطباءُ بفحوصات تصويرية بشكل روتيني أيضًا، وذلك للتحري عن المشاكل التي لا يمكن ملاحظتها خلال الفَحص السَّريري
  الجِلد 
يتفحص الأطباءُ الجلد ويسجِّلون لونه،ويكون لونُ الجلد مُحمرًّا عادةً، ولكنَّ من الشائع أن تكون هناك مسحة من اللون الأزرق على أصابع اليدين والقدمين وذلك بسبب ضَعف الدورة الدَّموية خلال الساعات القليلة الأولى.وفي بعض الأحيان، توجد بقع صغيرة بلون أرجوانيّ محمرّ (تسمى الحَبَرات petechiae) على أجزاء الجسم التي تعرَّضت لضغط شديدٍ في أثناء الولادة،ولكن من المُحتمل أن يكون وجود الحبرات على جميع أجزاء الجسم علامةً لاضطرابٍ ما وهِيَ تحتاجُ إلى تقييمها من قِبَل الطبيب.يحدث جفاف وتقشر في الجلد خلال أيامٍ غالبًا، خُصوصًا في المعصم وطيَّات الكاحل.
يحدث عندَ الكثير من حديثي الولادة طفحٌ جلديٌّ بعد نحو 24 ساعة من الولادة،ويتكون هذا الطفح الجلدي الذي يُسمَّى الحُمَّى السمية الوليدية erythema toxicum، من لطخات حمراء مسطحة، وعادةً مع وجود نتوء أبيض يشبه البثرة في منتصفها عادةً،وهِيَ غير ضارة وتختفي خلال 7 إلى 14 يومًا.
  الرأسُ والعُنق 
يتفحص الأطباء رأس المولود ووجهه وعنقه للكشف عن أية تشوهات أو عيوب،حيث تحدث بعضُ التشوهات في أثناء الولادةوقد تنجُم التشوهات الأخرى عن عيبٍ خِلقي.
تجعل الولادة الطبيعية، التي يخرج فيها الرأس أولًا، الرأس شكله مشوَّهًا بعضَ الشيء لعدَّة أيام،حيثُ تتراكب العظامُ التي تُشكِّل الجمجمة، ممَّا يسمح بانضغاط الرأس من أجل الولادة،ويكون بعض التورُّم والتكدُّم في فروة الرأس أمرًا طبيعيًّا.في بعض الأحيان، يُسبِّبُ حدوث نزفٌ من أحد عظام الجمجمة والغطاء الخارجي لها نتوءًا صغيرًا على الرأس يزول في غضون أشهرٍ قليلة (يسمى الورم الدموي الرأسي cephalhematoma).عندما تكون (الولادة مقعديةً)، أي يخرج الردفان أو الأعضاء التناسلية أو القدمان أولًا، لا يحدث تشوه في الرأس عادةً،ولكن، قد يحدث تورم أو تكدُّم في الردفين أو الأعضاء التناسلية أو القدمين،ويجري تجنُّب الولادة المقعديَّة حاليًّا عادةً.عندما يكون الصغير في الوضعية المقعدية، يوصي الأطباء عادة بالولادة القيصرية (ولادة جراحية للصغير عن طريق شق في بطن المرأة والرحم)، ممَّا يقلل من تعرض المولود للخطر.
قد يتكدَّم وجه الوليد بسبب الضغط في أثناء الولادة الطبيعيَّة،وبالإضافة إلى ذلك، قد يؤدي الانضغاط عبر قناة الولادة إلى جعل الوجه يظهر في البداية غير متناظر،وفي بعض الأحيان، ينجم عدم التناظر هذا عندما يحدث ضرر في أحد اعصاب الوجه في أثناء الولادة،ويكُون التَّعافي تدريجيًّا خلال الأسابيع القليلة التالية.
كما قد تؤدي عملية الولادة إلى تشكُّل نزوف تحت الملتحمة (تمزُّق الأوعية الدموية على سطح العين) في عيني المولود أيضًا،وتكون هذه النزوفُ شائعة ولا تحتاج إلى معالجة، وتختفي تمامًا خلال أسبوعين عادةً.
يتفحص الأطباء الأذنين لملاحظة ما إذا كان شكلهما طبيعيًا وفي المكان الصحيح؛فعلى سبيل المثال، قد يعني وجود الأذنين في مكان منخفض أو تشكلهما على نحوٍ غير صحيح أنَّ المولود لديه اضطراب وراثيّ أو ضعف في السمع.
كما يتفحص الأطباء الفم للتَّحرِّي عن أيَّة مشاكل أيضًا.في حالاتٍ نادرةٍ، يُولد الصغار مع أسنان، ممَّا قد يحتاجُ إلى إزالتها، أو لديهم الشفة المشقوقة أو الحنك المشقوق.كما يتحرَّى الأطبَّاء عن وجود ورم لثوي (نمو غير سرطاني على اللثة)، لأن هذ الأورام يُمكن أن تسبب مشاكل في التغذية وقد تُسبِّبُ انسدادًا في المسالك الهوائيَّة.
يتفحصُ الأطباءُ العُنقَ للتحري عن ورمٍ أو زوائد والتواءات أو تشنجات.
  القلبُ والرئتان 
يستخدم الطبيب السماعة الطبية لتفحص القلب والرئتين حول أيَّة مشاكل،ويكون الأطباءُ قادرين على سماع أصواتٍ غير طبيعية، مثل النَّفخَةٌ القَلبِيَّة أو احتقان الرئة.يقوم الطبيب بتفحص لون جلد المولود،وقد يكون اللونُ الأزرق للوجه والجذع علامة على وجود عيوب خلقية في القلب أو مرض في الرئة.يجري التحقق من معدَّل وقوة النبض،ويراقب الأطباء التنفس عند المولود، ويحسبون عدد مرات النفس في الدقيقة.ويمكن للشخير أو توسُّع المنخرين مع التنفُّس، والتنفُّس بشكل سريع جدًّا أو بطيء جدًّا، أن تكون علاماتٍ على وجود مشاكل.
  البطنُ والأعضاء التناسليَّة 
يتفحص الطبيبُ الشكل العام للبطن، كما يتحقق أيضًا من حجم وشكل ووضعية الأعضاء الداخلية، مثل الكلى والكبد والطحال،حيثُ قد تشير ضخامة الكلى إلى وجود انسِداد في مجرى البول.
يتفحص الطبيبُ الأعضاء التناسلية لضمان أن الإحليل مفتوح وفي المكان الصحيح.كما يتحقق الطبيبُ أيضًا من أنَّ الأعضاء التناسلية ذكريَّة أم أنثويَّة بشكلٍ واضح.عند الذكور، ينبغي أن تكون الخُصيَتان موجودتين في كيس الصَّفَن،وعند الإناث، تكون الأشفار بارزةً بسبب التعرض لهرمونات الأم، وتبقى متورِّمة خلال الأسابيع القليلة الأولى.تكون المُفرَزات من مهبل الصغيرة والتي تحتوي على الدم والمخاط طبيعيةً.يقوم الطبيب بتفحص فتحة الشرج للتأكد من كونها في الموضع الصحيح وليست مغلقة.
  الجهازُ العصبي
يتحقق الأطباء من مستوى اليقظة عند حديثي الولادة، ومن توتر العضلات والقُدرة على تحريك الذراعين و الساقين بشكل متساوٍ.يمكن أن تكون الحركة غير المتكافئة علامةً على وجود خلل في الأعصاب (مثل شلل العصب).
كما يتفحص الأطباء المنعكسات عند المولود مستخدمين مناورات مختلفة أيضًا.تكون أهم المنعكسات عند المولود هي منعكس مورو ومنعكس التجذير ومنعكس المصّ.
بالنسبة إلى منعكس مورو، عندَ إجفال المولود، يبدأ في البكاء ويفتح ذراعيه للخارج مع أصابع اليدين ممطوطةً ويرفع ساقيه نحو صدره.
بالنسبة إلى منعكس التجذير، عندَ النقر على أحد جانبي فم المولود أو شفته، يحول رأسه إلى هذا الجانب ويفتح فمه،ويُمكِّن هذا المنعكس المولود من إيجاد حلمة الثدي.
بالنسبة إلى منعكس المصّ، عندما يوضع جسمٌ (مثل اللهاية) في فم المولود، يبدأ بالمصِّ مباشرة.
  العضلاتُ والعظام 
يتفحص الطبيبُ مرونة وحركة الذراعين والساقين والوركين، ويتأكد من عدم حدوث أي كسر في عظام الرضيع في أثناء الولادة (خصوصًا عظم الترقوة)، أو أن لديه طرفٌ غير متشكل أو مفقود، أو خلع في مفصل الورك.
يجري تفحص العمود الفقري للكشف عن أيَّة عيوب أو تشوُّهات (مثل السنسنة المشقوقة spina bifida).