استعماله أيضًا لأخذ خزعة أو عينة من الخلايا أو نسيج للفحص المِخبري (Biopsy)، وأيضًا لاستئصال سليلة وهي زائدة لحمية (Polyp) أو لوقف نزيف الأوعية الدموية.
فحص التنظير للجهاز الهضمي العلوي (Upper - Endoscopy) يشمل:
    تنظير المريء (Esophagus).
    تنظير المعدة.
    تنظير الاثني عشر (duodenum).
وبما أن الاثني عشر متصل بالقنوات الصفراوية وبقناة البنكرياس فمن الممكن استخدام هذا الجهاز من أجل إجراء قسطرة (Catheterization) لهذه الأجزاء بهدف التشخيص والعلاج ويسمى ذلك بالتنظير الرجعي للقولون والبنكرياس (ERCP- Endoscopic Retrograde Cholan Pancreatography)، وتتطلب هذه القسطرة حقن مادة تباين (Contrast agent) والتي تعمل على تحسين تباين وظهور الأنسجة.
يمكن استخدام هذا النموذج للفحص وحتى لعلاج القنوات الصفراوية، مثل: إدخال الدعامات (Stent) للقناة الصفراوية لتجنب انسدادها جراء الورم.
بالإضافة إلى ذلك يمكن استخدام المنظار الذي يحتوي على محوّل للموجات فوق الصوتية من أجل الحصول على معلومات عن الأمراض الموجودة في جدار الجهاز الهضمي أو بالقرب منه، ويسمى هذا النوع من التنظير بالتنظير بالموجات فوق الصوتية (EUS - Endoscopic Ultrasound).
متى يتم إجراء الاختبار؟
يمكن فحص تنظير الجهاز الهضمي وفق موعد مسبق تم تحديده أو بصورة مستعجلة وتكون غالبًا في المستشفيات، وتشمل الحالات التي يتم بها إجراء الاختبار ما يأتي:
    التحقُق من الشكاوى عن آلام في الجزء العلوي من البطن أو الصدر، أو حرقة، أو الاشتباه بقرحة في المعدة، أو الارتجاع المعدي المريئي (GERD).
    التحقق من الشكاوى حول صعوبة أو ألم عند البلع، أو الغثيان، أو القيء.
    ضمن إطار إجراءات التأكُد من الإصابة بفقر الدم.
    التحقُق من الشكاوى من القيء الدموي، وخاصة لدى مرضى الكبد.
    علاج دوالي المريء (Esophageal varice).
    تشخيص وعلاج الأمراض التي تشمل القنوات الصفراوية مثل:
        الحصى في كيس المرارة.
        قسطرة المرارة (ERCP).
    تقييم مدى انتشار الأورام في جدار المريء والمعدة والبنكرياس والاثني عشر أو حول البنكرياس والقنوات الصفراوية من خلال التنظير بالموجات فوق الصوتية (EUS: Endoscopic Ultrasound).
الفئة المعرضه للخطر
ينطوي كل اختبار لتنظير الجهاز الهضمي على بعض المخاطر البسيطة من نزيف أو ثقب، هذا الخطر ضئيل جدًا أي أقل من 0.1 ٪ بالتنظير التشخيصي.
عند استخدام التنظير لتنفيذ أنشطة علاجية أيضًا، مثل: إزالة ورم، فإنّ خطر هذه المضاعفات يرتفع إلى 2٪، مثلًا: في فحص قسطرة المرارة (Gall bladder catheterization) هناك مخاطر إضافية بدءًا من التهاب خفيف في البنكرياس وحتى أمراض  تلوثية مختلفة ونزيف.
مِن المهم الإشارة إلى أنه يمكن علاج المضاعفات في كثير من الحالات بشكل فوري، لكن في بعض الأحيان يحتاج الأمر إلى إجراء عملية جراحية.
الأمراض المتعلقة
تشتمل الأمراض المتعلقة بهذا الفحص على الآتي:
    القرحة (Ulcer).
    الارتجاع المعدي المريئي (GERD).
    دوالي المريء (Esophageal Varices).
    أورام المريء والمعدة والاثني عشر والكبد والبنكرياس.
    النزيف.
    متلازمة - مالوري فايس تير (Mallory - Weiss Tear).
    حصى في كيس المرارة (Gall stones).
طريقة أجراء الفحص
سيُطلب منك نزع طقم الأسنان الصناعية من الفم، كذلك سيوضع لك أنبوب الحقن الوريدي (Infusion) وعن طريقه سيتم تزويدك بالسوائل والأدوية.
يتم إعطاؤك دواء مخدر، ثم يقوم أحد أفراد الفريق الطبي بوضع إطار صلب في فمك، والهدف من الإطار منعك من عض المنظار وجرح نفسك.
الاستعداد للفحص
قبل فحص تنظير الجهاز الهضمي يجب إبلاغ الطبيب إذا كانت لديك مشكلة في أحد صمامات القلب، وإنك بحاجة إلى تناول المضادات الحيوية قبل علاج الأسنان أو العمليات الجراحية، وإذا كان لديك صمام اصطناعي، أو إذا عانيت في الماضي مِن عدوى في صمام القلب المسمى التهاب الشغاف (Endocarditis).
يُمنع الأكل أو الشرب قبل 8 ساعات من إجراء فحص تنظير الجهاز الهضمي، و في حال أخذ أدوية ينبغي استشارة الطبيب المُعالِج.
خلال الفحص 
سيطلب منك الاستلقاء على الجانب الأيسر، بينما يدخل الطبيب ويكون في الغالب اخصائي أمراض الجهاز الهضمي (Gastroenterologist) المنظار إلى فمك، يبدو المنظار على شكل أنبوب طويل أسود مع ضوء مشع قوي في طرفه، قد تشعر بعدم الارتياح لكن بسبب الدواء الذي تناولته قد لا تذكُر تفاصيل الحدث.
يستغرق الفحص بالعادة نحو 20 دقيقة، ولكن قد يطول الوقت عند إجراء قسطرة لقنوات المرارة أو عند القيام بإجراءات تدخلية (Interventional actions).
بعد الفحص
سيتم نقلك إلى غرفة الإنعاش لمدة 30 دقيقة، قد تشعر بِحُرقة في الحلق لكنها عابرة، إذا كان كل شيء على ما يرام يسمح لك بالذهاب إلى منزلك بعد وقتٍ قصير، أو قد تُضطَر للمكوث في المستشفى لمراقبة وضعك بحسب وضعك
الأعراض التي يجب الانتباه لها بعد فحص تنظير المعدة:
    آلام قوية في البطن أو الصدر.
    قيء بدم أو بدون دم.
    سُعال متواصل.
    ارتفاع درجة الحرارة فوق 37.7 درجة مئوية.
    القشعريرة.
بظهور واحد أو أكثر من هذه الأعراض يجب التوجه بأسرع ما يُمكن إلى الطبيب.
تحذيرات
اثناء الحمل:
يجب إبلاغ الطبيب في حال وجود الحمل.
السياقة:
غالبًا ما يتم إجراء الاختبار تحت تأثير المهدئ أو التخدير السطحي (Superficial sedation) لذلك لا يُمكنك قيادة السيارة بعد الاختبار، وإذا لم يُطلب منك المكوث في المستشفى بعد الاختبار فيجب أن ترتبّ الأمر لحضور مرافق لإيصالك للبيت، كذلك يُمنع تشغيل آلات خطرة أو مُعدّات ثقيلة خلال 8 ساعات بعد الاختبار.
الأدوية التي تؤثر على نتيجة الفحص
يجب إبلاغ الطبيب إذا كانت لديكم حساسية من الدواء، وإذا كنتم تُعانون مِن أمراض القلب أو الرئتين، في حال كنت مصابًا بمرض السكري (Diabetes) استشر طبيبك حول مستويات السكري قبل الفحص بيوم.
من المهم استشارة الطبيب خاصةً إذا كنت تأخذ أدوية لمنع تجلط الدم من نوع الوارفارين (Warfarin) .
تحليل النتائج
بعد فحص تنظير الجهاز الهضمي يقوم الطبيب بمناقشة النتائج مع المريض، قد تتلقى صفحة مع تفاصيل أو رسم للنتائج، بالإضافة إلى ذلك قد يتم إرفاق صور ملوّنة للنتائج، وقد يخبروا المريض أنهم أخذوا خزعة (Biopsy) وهي عينة خلايا للفحص المِخبري، ويجب انتظار النتيجة خلال عدة أيام وحتى 2 - 3 أسابيع.
الفحص السليم قد يحتوي على العناصر الآتية:
    الغشاء المخاطي طبيعي (Mucosa)، من دون أدلة على وجود قرحة، أو التهاب، أو أورام.
    مسار المريء طبيعي دون تضيُّق.
    القنوات الصفراوية بشكل كامل سليمة دون عيوبٍ بالوظائف.