لأوعية الدموية، فإن الطريقة الوحيدة لعلاج هذه الحالة قبل التهاب السن وتضرر الأنسجة العظمية في السن بشكل دائم, هي عن طريق علاج قناة جذر السن: فتح السن، إزالة التسوس، إزالة اللب وتنظيف قناة الجذر، وفي النهاية يجب ملأ السن بمادة خاصة تقوم بسده. إمكانية العلاج الثانية تكمن بقلع السن. الأعراض التي قد تشير لتضرر السن تشمل الألم، تورم الوجه أو العنق، ثقب في السن، الحساسية من البرد أو الحرارة، وتورم دواعم السن وغيرها.
التحضير للعملية:
في معظم الحالات يتم علاج قناة جذر السن تحت تأثير التخدير الموضعي فقط، بالرغم من أنه يمكن القيام بهذه الجراحة تحت تأثير التخدير العام. وفي بعض الأحيان يمكن القيام بهذا العلاج من دون اللجوء لتخدير المريض بالمرة، هذا في حال فقد السن حيويته (نتيجة لتضرر الأعصاب لا يكون هنالك شعور بالألم أو أي شعور أخر).
قبل القيام بالعلاج يجب القيام بتصوير الأسنان بواسطة الأشعة السينية (X-ray) وفي بعض الحالات يتطلب الأمر القيام بصورة خاصة (صورة بانورامية) من أجل تحديد مرض السن بشكل دقيق. لدى الأشخاص الذين يتمتعون بصحة جيدة لا داعي لإجراء فحوصات أخرى خاصة. ولكن المرضى الذين يعتبرون أكثر عُرضة للإصابة بالتهاب الشغاف (Endocarditis) كالأشخاص ذوي الصمامات الاصطناعية وغيرهم، يتحتم عليهم إعلام طبيب الأسنان حتى يزودهم بجرعة من المضادات الحيوية قبل القيام بالعلاج.  
قد يُطلب من الأشخاص الذين يعانون من اضطرابات في تخثر الدم, إجراء فحص دم لفحص وظائف التخثر لديهم قبل العملية الجراحية، ذلك أنهم عرضة للإصابة بالنزيف.
مسار الجراحة:
يتم القيام بهذا العلاج في عيادة الأسنان بظروف معقمة، يقوم طبيب الأسنان العام أو طبيب الأسنان المتخصص بهذا العلاج (Endodontist). في بعض الأحيان يستمر العلاج لأكثر من لقاء واحد بل العديد من اللقاءات العلاجية في العيادة.
يتم حقن المريض بمادة مخدرة موضعية للمنطقة المنوي معالجتها، كما هو الحال في كل علاجات الأسنان الإعتيادية (في بعض الأحيان تكون هنالك حاجة لتوسيع نطاق التخدير). المرحلة الأولية من العلاج تشمل القيام بفتح المينا وإزالة التسوس المتراكم في السن ومن حوله، عن طريق أدوات خاصة بعد ذلك تتم إزالة طبقة لب السن، ويتم تنظيف قناة جذر السن بشكل شامل.
في حال كان من الممكن إنهاء العلاج بجلسة علاجية واحدة يقوم الطبيب بإدخال مادة خاصة تقوم بسد قناة جذر السن، والتي تهدف لمنع تكاثر جراثيم جديدة في منطقة جذر السن. من ثم, يقوم الطبيب بسد السن بشكل عادي (حشو). في الحالات التي يقرر فيها الطبيب تقسيم العلاج على عدة جلسات (مثلا بسبب الانتظار حتى شفاء الالتهاب القائم في موقع العلاج)، سيقوم الطبيب بملأ قناة السن بمادة معقمة وبحشو السن بمادة مؤقتة، ويتم سد السن بشكل دائم في مرحلة متقدمة. تستغرق كل جلسة نحو ساعة. 
مخاطر العلاج العامة:
العدوى- في معظم الحالات تكون العدوى سطحية ويتم علاجها بشكل موضعي، ولكن في بعض الحالات النادرة قد تحدث عدوى خطيرة, والتي قد تصل الى تيار الدم- الإنتان (Sepsis)، وقد تصل الى صمامات القلب مما يؤدي للإصابة بإلتهاب الشغاف (Endocarditis) وغيرها. في بعض الحالات النادرة تكون هنالك حاجة لفتح منطقة  دواعم السن من جديد لإخراج البقايا الجرثومية.        
نزيف- بالأساس يكون في منطقة العلاج بسبب تعرض هذا الأنسجة للرضح الموضعي. قد يحدث النزيف مباشرة بعد الجراحة أو حتى بعد 24 ساعة من انتهاء العملية, وفي بعض الحالات النادرة قد يظهر النزيف بعد عدة أسابيع بل وبعد مرور أشهر على العملية. يحدث هذا النزيف نتيجة لتمزق أحد الأوعية الدموية في دواعم السن. في الحالات التي يكون فيها النزيف شديداً, تكون هنالك حاجة بنزح الدم لكن هذا الأمر نادر الحدوث. 
مخاطر التخدير- تتعلق معظم الأعراض بفرط التحسس للمواد المخدرة (إستجابة أرجية). في بعض الحالات النادرة, قد يحدث هبوط خطير في ضغط الدم (صدمة تأقية (Anaphylactic shock)).     
مخاطر خاصة:
تضرر الأعصاب في قناة العصب- من شأن هذه الإصابة أن تتسبب بفقدان جزئي أو كلي لحاسة الطعم- نادر الحدوث.
التحسس للبرد أو الحرارة في تجويف الفم نتيجة لانكشاف جذر السن.
العلاج بعد الجراحة:
لا توجد حاجة لإبقاء المريض تحت المراقبة بعد انتهاء العلاج. يجب الامتناع عن الأكل أو الشرب لمدة ساعتين بعد انتهاء الجراحة، حتى يزول تأثير المخدر.     
من بعد انتهاء علاج قناة جذر السن من المتوقع أن يشعر المريض بألم في منطقة العلاج ، وخاصة في الأيام الأولى التي تلي العلاج، لذا يمكن استعمال مسكنات الألم إذا كانت هنالك حاجة إليها. كما أنه من المتوقع أن تتورم منطقة العلاج لعدة أيام بعد انتهاء العلاج.
قد يستمر التحسس للبرد أو الحرارة نتيجة لانكشاف جذر السن لفترة زمنية معينة  لكنه يكون مؤقتاً.
من أجل الحصول على النتائج الأمثل بعد الجراحة يجب الحفاظ على نظافة الفم بشكل مكثف بما في ذلك, القيام بفرك الأسنان، تنظيف أساسي بواسطة خيط الأسنان بالإضافة لمعدات التنظيف الخاصة.
الأسنان التي قد تلقت علاج قناة جذر السن, قد تتطلب عملية إعادة تأهيل بعد انتهاء العلاج، وهذا يتم عن طريق تركيب جسم واقٍ على السن من أجل حمايته من التسوس (أحياناً بواسطة سن اصطناعية)، من أجل منع تكسر السن أو تكرر إصابته بالعدوى، التي من الممكن أن تتسبب بفقدان السن.
في حال كان هنالك ارتفاع بدرجة حرارة المريض،الآم شديدة، نزيف أو أي إفرازات من الفم يجب التوجه فورا إلى الطبيب. في بعض الأحيان ينصح الطبيب بتناول المضادات الحيوية من بعد علاج قناة جذر الأسنان، في حال كان هنالك التهاب أو عدوى موضعية.