اجها في الجهاز المناعي لدى المريض فتهاجم الغدّة وتؤدّي إلى إتلافها بشكل تدريجي لا يمكن منعه أو وقفه.
هذا المرض وراثي يصيب أحيانًا أكثر من فرد واحد من أبناء العائلة نفسها حيث توجد في دماء المصابين بداء هاشيموتو نسبة مرتفعة جدًا من المضادات التي تهاجم البروتين الأساس الذي تنتجه خلايا الغدّة الدرقيّة وهو الغلوبين الدرقي (Thyroglobulin)، كما تهاجم أيضًا إنزيم بيروكسيداز (Peroxidase) الضروري لإنتاج الهرمونين الثيروكسين وثُلاثَيُّ يودوثيرونين